Esaminando la struttura complessiva del Porto di Fano, questa appare il risultato di diverse aggiunte ed ampliamenti che hanno prolungato dal 1600 ad oggi il porto verso il mare, modificando anche la linea di costa e la natura dei sedimenti dei tratti adiacenti.

Iniziando dalla parte più antica, quella verso terra, abbiamo il Porto Borghese o Darsena Borghese (1618) e il salto della Liscia (1721, poi perfezionata nel 1735), attraverso cui l'acqua proveniente dal F. Metauro mediante il Vallato del Porto (o Canale Albani) si immette nel porto. Poi il porto-canale con lo squero vecchio, quest'ultimo attualmente testimoniato solo da una rientranza nella banchina nei pressi del faro.

Nel periodo 1911-1914 sono stati creati il cosidetto bacino di stazionamento davanti al faro e il bacino di espansione (o avamporto) ottenuto per prolungamento dei moli esterni. Nel 1925 è stato costruito il bacino di levante e lo scalo di alaggio (in sostituzione del vecchio squero posto lungo il porto-canale).

Con lavori terminati nel 1975 è stato ampliato il bacino di levante ed aggiunta mediante scogliere e apporti di terra un'area per la cantieristica navale, nella quale è sorto anche il Laboratorio di Biologia Marina e Pesca inaugurato nel 1991.

Con i lavori ultimati nel 2003, il Porto di Fano si è ampliato per l'aggiunta all'esterno del bacino di levante di due vasti bacini riservati uno per le imbarcazioni da diporto a conduzione privata ("Marina dei Cesari") e un altro anche per le barche da pesca.

Come riporta la mappa allegata, le varie parti del Porto di Fano sono quindi attualmente (2012):
- il Porto Borghese, dal salto della Liscia al ponte ferroviario, per piccole imbarcazioni
- il Porto-canale, per piccole imbarcazioni
- il Bacino di stazionamento, davanti al faro, per le imbarcazioni della piccola pesca e le vongolare
- il Bacino di levante (o Darsena pesca), per pescherecci e usata dalla cantieristica come scalo di alaggio
- la Darsena cantieristica, usata dalle imbarcazioni della piccola pesca e da pescherecci di stazza maggiore
- la Darsena diporto, ossia il Porto turistico
- il Bacino di espansione (o avamporto), la parte non usata per lo stazionamento delle imbarcazioni e posta verso l'imboccatura.

Altri lavori sul Porto di Fano (in "opere specialistiche")

- "Una città adriatica fra Medioevo e Rinascimento - documenti della marineria di Fano nei secoli XIV - XV - XVI", di Mario Bartoletti

- "Breve relazione sul Porto Canale", di anonimo dell'inizio del 1900