Lungo via Roma ad Urbania si incontra sulla destra la Chiesa del SS. Crocifisso (ormai detta dell'Ospedale) che fu costruita per volontà del duca Francesco Maria Il Della Rovere per i Chierici minori di S. Francesco Caracciolo sulle rovine del chiostro di Santa Maria de Nive, dove anticamente una Comunità di Benedettine si dedicava all'assistenza degli appestati; la chiesa fu riedificata alla fine del '700 lasciando intatto il semplice sepolcro che il Duca volle all'interno, come risulta dai suoi testamenti rogati dal notaio durantino Francesco Maria Rainaldi; dai documenti necrologici si desume che il Duca aveva già provveduto alla tomba nel 1625.

La facciata è suddivisa in quattro lesene e timpano triangolare.
L'interno è ad aula unica e ancora oggi (2001) aperta al culto. A pochi metri dalla porta d'ingresso si può ammirare sulla destra la Tomba Ducale: una fascia di travertino bianco e liscio (della circonferenza di m 4,396) porta la dicitura a lettere di bronzo: OBIIT ANN DNI MDC XXI AETATIS SUAE LXXXIII e vi è inscritta la pietra tombale nera di lavagna dove sono incisi al centro due stemmi (a destra la quercia roveresca, a sinistra l'aquila feltresca) e l'iscrizione: INCLINA DOMINE I AUREM TUAM AD PRECES I NRAS, QUIBUS MISERICORDIAM I TUAM SUPPLICES DEPRECAMUR, I UT ANIMA FAMULI TUI FRANCISCI I MARIAE Il URBINI DUCIS SEXTI I QUAM DE HOC SECULO MIGRARE IUSSISTI, IN PACIS, AC LUCIS REGIONE I IUBEAS ESSE CONSORTEM I PER CHRISTUM DOMINUM NOSTRUM AMEN.
Sulla stessa lapide è posta l'acquasantiera di alabastro, a base circolare, con il fusto modanato e l'elegante vasca baccellata.
Questo sepolcro, che ha attirato intorno a sé la venerazione e le commemorazioni secolari, cela un grande mistero: infatti non solo la salma ducale fu trafugata (la prima scoperta che il sepolcro ducale fosse vuoto risale al 20 marzo 1752), ma è scomparsa perfino la tomba ducale, per cui restano solo la pietra sepolcrale e l'acquasantiera.
È stato ipotizzato che la salma del Duca, affidata con rogito ai Caracciolini, fosse portata via dagli stessi religiosi in un luogo segreto, forse un altro loro convento di Pesaro, quando si apprestavano a lasciare Urbania in seguito al trasferimento a Roma deliberato da Papa Alessandro VII della Biblioteca Ducale; la partenza poi non avvenne in seguito a trattative e per la ricostituzione di parte della Biblioteca.
Quando poi alla fine del XVIII secolo la chiesa fu ricostruita dalle fondamenta, essendo stato scoperto che la salma non c'era più, si ritenne opportuno eliminare anche la tomba ducale.
Non rimangono notizie sulle dimensioni dell'antica e originaria chiesa, in quanto non visitata dai Vescovi perché proprietà dei chierici minori; inoltre anche l'archivio del convento è andato disperso in epoca napoleonica.È tuttavia certo, sulla base delle descrizioni del funerale, che l'edificio fosse più piccolo dell'attuale: infatti è scritto che la "Piramide", o catafalco, eretta al centro della chiesa raggiungeva il soffitto e che non vi erano altari lungo le pareti, ma un grande altare nell'abside affiancato da due altarini.
La tomba ducale, perciò, si doveva trovare in un punto molto più avanzato di quello attuale.

L'interno della chiesa è arricchito da raffinate decorazioni a stucco, presentando nel suo insieme echi dello stile dell'architetto Luigi Vanvitelli (1700-1773).
L'altare maggiore ospita un grande dipinto raffigurante il Cristo spirante sulla croce, copia dell'opera eseguita da Federico Barocci nel 1604 per Francesco Maria Il Della Rovere, oggi al Museo del Prado.
In questa tela il pittore, approfondendo il tema dell'estasi, sostituisce all'immagine del Cristo morto quella del Cristo spirante, colto in un abbandono drammatico, acuito dalla solitudine con cui la figura campeggia sul paesaggio notturno, dal quale emerge una veduta del Palazzo Ducale di Urbino.
L'altare della parete destra ospita un altro pregevole dipinto del Barocci raffigurante la Madonna col Bambino (conosciuta anche come Madonna delle nuvole). Pur non essendo firmato, è da accostare alla mano del grande genio urbinate: tale tema riscosse un notevole successo cosicché ne furono realizzate copie e servì anche come riferimento importante per la decorazione di maioliche. E' probabilmente il quadro che il duca Francesco Maria II lasciò alla morte al suo confessore, lo spagnolo Ludovico Munaxhò, religioso dei Chierici Regolari Minori; la tradizione vuole fosse tenuto dal duca nella sua camera da letto. Il dipinto è popolarmente conosciuto col nome di Madonna delle nuvole: infatti le due figure emergono da uno sfondo incorporeo color grigio-verde, morbido e lievitato, quasi impalpabile.
Nell'altare di sinistra si può invece ammirare un'opera del valente artista Sebastiano Conca (1680-1764) raffigurante Francesco Caracciolo che adora il Santissimo.
La chiesa conserva anche un dipinto con i Santi Paolo, Veronica Giuliani e Beata Margherita della Metola di Gian Francesco Ferri (Pergola 1705 - Urbania 1775).

Bibliografia
AA.VV. 1999: Urbania Cateldurante. Guida alla città.
AA. VV. 1982 p. 182
EMILIANI 1997