L'interno della Chiesa di S. Francesco fu modificato in varie epoche fino a quando, verso la metà del sec. XVIII, appunto, fu quasi interamente rifatto.
Ridotta ad un'unica navata rettangolare con angoli smussati, con transetto e cappelle laterali, troviamo al primo altare destro appartenente alla famiglia Tiranni, l'Assunzione della Vergine, tela di Domenico Peruzzini.
Il pittore illustra la scena secondo l'iconografia tradizionale: la Vergine sale in cielo in un "bagno" di luce, lasciando il sepolcro pieno di rose e gli apostoli in ammirazione.
Dietro all'altare maggiore in ricca cornice con ornato ad intaglio, fatto a spese di D. Guido Macci, è la Madonna in gloria e Santi, tela di Giorgio Picchi (1582).
Fu la prima opera realizzata dopo il suo soggiorno romano; la Madonna vincitrice sul drago è accolta in cielo da angeli festanti, mentre in basso lo spazio è diviso a metà dall'asse centrale della figura della Vergine: sul lato destro sono ritratti re Davide e Santa Chiara, sul lato sinistro i Santi Francesco e Agostino.
A destra dell'altare in una piccola cappella è presente la riproduzione (proveniente dal celebre santuario polacco di Cestochowa) di un affresco della fine del sec. XV della Madonna col Bambino in trono.
Sull'altare del braccio sinistro del transetto, detto del Crocifisso e appartenente alla Confraternita di San Giovanni, è posta la tavola dei Magi dipinta da Giustino Episcopi, dove si possono notare diverse affinità con le opere di Raffaellino del Colle, che il pittore aveva avuto modo di ammirare nella chiesa del Corpus Domini; probabilmente doveva anche esserci una grande effigie del Crocifisso.
Sull'altare della Passione (secondo altare sinistro) si trova la tavola della Crocifissione, opera di Agostino Apolloni, che vi ritrasse in basso tutta la sua famiglia; per testamento dello stesso Apolloni, che qui lasciò il suo sepolcro, la cappella appartenne al Monte di Pietà.
Al primo altare sinistro è la tela di Giorgio Picchi (1586) raffigurante Presepe.

Le sagrestie (a sinistra) sono ricche di oggetti, arredi lignei e tele.

Proprio di fronte alla chiesa si può ammirare quel che resta dell'antica Chiesa di Giovanni Evangelista: il portale e la sagrestia.

da AA.VV. 1999: Urbania Casteldurante. guida alla città.