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- Stephanitis lauri
- Stercorario maggiore - Stercorarius skua
- Stercorario mezzano - Stercorarius pomarinus
- Sterna comune - Sterna hirundo
- Sterna maggiore - Hydroprogne caspia
- Sterna zampenere - Gelochelidon nilotica
- Sternbergia colchiciflora
- Sterpazzola - Sylvia communis
- Sterpazzolina - Sylvia cantillans
- Sterpazzolina di Moltoni - Sylvia subalpina
- Stiaccino - Saxicola rubetra
- Stictocephala bisonia
- Stictoleptura (Stictoleptura) cordigera
- Stictopleurus punctatonervosus
- Stipa dasyvaginata apenninicola
- Stoccafisso con alloro
- Stoccafisso con l'uva
- Stoccafisso ubriaco (stucfis imbriech)
- Stonga, S. Piero in Tambis (Comune di Fossombrone)
- Stopoletto, Roncosambaccio (Comune di Fano)