La chiesa è situata a Cagli in via Lapis, in pieno centro storico. Nel 1362 la confraternita di Sant'Angelo, che era amministrata da otto patrizi, ottenne la concessione dal Capitolo Lateranense per l'erezione di una chiesa e di un ospizio.

Il fronte principale della chiesa doveva essere, in epoca medioevale, completamente affrescato e in esso sembra che vi fosse raffigurata una Crocifissione e tre figure di Santi.
La presenza di un'ampia decorazione murale fa pensare all'esistenza di una loggia in epoca medioevale, poi sostituita da quella attuale.
L'attuale loggia, datata 1560, è articolata frontalmente in tre archi poggianti su colonne di ordine tuscanio innalzate su piedistalli quadrangolari e realizzata in pietra serena; essa impreziosisce la facciata principale della chiesa e, con la sua volta a crociera, dona eleganza a tutta la struttura e all'ingresso principale.
L'artefice della loggia fu il lapicida cagliese Giambattista Finale, che sembra lavorò, oltre che per la chiesa di San Giuseppe, anche per il campo dell'orologio del Palazzo Pubblico.
Non è ad ogni modo dato di conoscere l'artefice del disegno poi realizzato dal lapicida, anche se la partitura semplice della loggia tipicamente quattrocentesca fece pensare a Francesco di Giorgio Martini.
Non è tuttavia da escludere che si tratti di un architetto locale che ha ripreso i modi e le geometrie del grande disegnatore e progettista militare.
La loggia ha però oggi perso parte del suo rilievo artistico, sia a seguito di avversità atmosferiche, ma soprattutto a causa del restauro effettuato nel 1990, con il quale i materiali lapidei sono stati impropriamente sottoposti a violenti lavaggi provocando il distacco di tanta parte della superficie.
Sopra l'ingresso principale, sottolineato da un portale centinato con cornice modanata, si trova il bassorilievo lapideo raffigurante l'arcangelo Michele che sconfigge il grande drago e le chiavi poste a decusse con la tiara papale, che indicano la sottoposizione al capitolo Lateranense.

La chiesa si presenta ad aula unica sormontata da una volta a botte lunettata. Lungo le pareti, articolate da lesene con capitelli di ordine composito, sono disposte le panche. Domina la parete di fondo il grande altare che presenta un elaborato ornato ligneo laccato e dorato, composto da tre possenti colonne che ricordano quelle berniniane della Basilica di San Pietro in Vaticano.
Al centro dell'altare è il "Noli me tangere", che è il più importante lavoro di Timoteo Viti; nel timpano San Carlo Borromeo e di fronte ad esso la statua in cartapesta dellImmacolata Concezione eseguita nel 1763 da un artista napoletano.
Entro cornici di stucco sono Sant'Andrea, San Paolo, San Bartolomeo e San Pietro.

Sopra la porta d’ingresso, al di là di una cantoria che reca nella balconata pannelli decorati, è racchiuso in una cassa armonica ad un'unica campata un organo settecentesco.
L’organo è composto da una tastiera e dal mantice che mandava aria compressa nella serie di canne che fanno parte dello strumento. I tasti avevano la funzione di aprire o chiudere i condotti che portavano l’aria alle singole canne. Ogni tasto controllava diverse canne che davano la stessa nota, ma erano costruite per genere e timbro diverso. Affidando quindi ad ogni tasto il controllo di varie canne, vi era un sistema chiamato registro che permetteva il coinvolgimento dell’aria nell’una o nell’altra canna secondo la volontà dell’esecutore.
Lo strumento, ancora in discrete condizioni, è un esempio importante della musica sacra, che nel Settecento si diffuse nelle chiese e nei vari luoghi di culto.

BIBLIOGRAFIA
ARSENI 1996
MAZZACCHERA 1997
MAZZACCHERA 1998
MAZZACCHERA e MONTEVECCHI: Gaetano Lapis. I dipinti di Cagli